有名なSV検出ツールのMantaをcondaでインストールしたので記録しておく。
インストール自体は全く難しくないが、インストールした後「mantaコマンドが見つからない！」と焦った。
結局は「mantaコマンド」ではなく「configManta.pyコマンド」を利用すれば良いのだが、とても紛らわしいので勘弁してほしかった。
具体的手順
インストール：
conda install -c bioconda manta
これでインストールOK
実行：
configManta.py --normalBam <normalのbamファイル > --tumorBam <tumorのbamファイル> --referenceFasta <referenceのfastaファイル> --runDir <出力ディレクトリ>
僕はここでmantaというコマンドが見当たらず焦ったが、configManta.pyというコマンドにPATHが通っていた。
とりあえずこれで出力ディレクトリにrunWorkflow.pyというファイルができる。
あとはドキュメントにしたがって適切なパラメータを設定し、runWorkflow.pyを実行するだけ。
以上。
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