有名なSV検出ツールのMantaをcondaでインストールしたので記録しておく。

インストール自体は全く難しくないが、インストールした後「mantaコマンドが見つからない！」と焦った。

結局は「mantaコマンド」ではなく「configManta.pyコマンド」を利用すれば良いのだが、とても紛らわしいので勘弁してほしかった。

具体的手順

インストール：

conda install -c bioconda manta

これでインストールOK

実行：

configManta.py --normalBam <normalのbamファイル > --tumorBam <tumorのbamファイル> --referenceFasta <referenceのfastaファイル> --runDir <出力ディレクトリ>

僕はここでmantaというコマンドが見当たらず焦ったが、configManta.pyというコマンドにPATHが通っていた。

とりあえずこれで出力ディレクトリにrunWorkflow.pyというファイルができる。

あとはドキュメントにしたがって適切なパラメータを設定し、runWorkflow.pyを実行するだけ。

以上。