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  • SV検出ツールMantaのインストール(conda)と実行

    posted at 2019年5月23日

    有名なSV検出ツールのMantaをcondaでインストールしたので記録しておく。

     

    インストール自体は全く難しくないが、インストールした後「mantaコマンドが見つからない!」と焦った。

     

    結局は「mantaコマンド」ではなく「configManta.pyコマンド」を利用すれば良いのだが、とても紛らわしいので勘弁してほしかった。

     

     

    具体的手順

    インストール:

    conda install -c bioconda manta

     

    これでインストールOK

     

    実行:

    configManta.py --normalBam <normalのbamファイル > --tumorBam <tumorのbamファイル> --referenceFasta <referenceのfastaファイル> --runDir <出力ディレクトリ>

     

    僕はここでmantaというコマンドが見当たらず焦ったが、configManta.pyというコマンドにPATHが通っていた。

     

    とりあえずこれで出力ディレクトリにrunWorkflow.pyというファイルができる。

     

    あとはドキュメントにしたがって適切なパラメータを設定し、runWorkflow.pyを実行するだけ。

     

    以上。