SV検出ツールMantaのインストール(conda)と実行

有名なSV検出ツールのMantaをcondaでインストールしたので記録しておく。

 

インストール自体は全く難しくないが、インストールした後「mantaコマンドが見つからない!」と焦った。

 

結局は「mantaコマンド」ではなく「configManta.pyコマンド」を利用すれば良いのだが、とても紛らわしいので勘弁してほしかった。

 

 

具体的手順

インストール:

conda install -c bioconda manta

 

これでインストールOK

 

実行:

configManta.py --normalBam <normalのbamファイル > --tumorBam <tumorのbamファイル> --referenceFasta <referenceのfastaファイル> --runDir <出力ディレクトリ>

 

僕はここでmantaというコマンドが見当たらず焦ったが、configManta.pyというコマンドにPATHが通っていた。

 

とりあえずこれで出力ディレクトリにrunWorkflow.pyというファイルができる。

 

あとはドキュメントにしたがって適切なパラメータを設定し、runWorkflow.pyを実行するだけ。

 

以上。

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