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  • SV検出ツールDellyのインストール(conda)と実行

    posted at 2019年5月27日

    Dellyは有名なSV検出ツールであり、比較的精度が高く、そこそこ使いやすい。

     

    本記事ではそのインストール方法と実行方法について軽く触れる。

     

     

    インストール

    condaで簡単に入る。

     

    conda install -c bioconda delly

     

    他のインストール方法は公式を参照のこと。

     

     

    実行

    ここではsomatic mutationを検出するための最低限のコマンドを紹介する。

     

    delly call -o output.bcf -g genome.fa tumor.bam control.bam

     

    最低限これで動く。

     

    これによってoutput.bcfというバイナリーファイルが出力される。

     

    その他特定の領域を除外したかったり、パラメータを設定したかったりする場合は、

     

    delly call

     

    と実行するとヘルプが出るので参考になる。

     

    しかしbcfファイルはバイナリファイルのため、そのまま読むことができない。

     

    そこでbcftoolsというコマンドを利用することで、お馴染みのvcfファイルに変換できる。

     

    bcftoolsはcondaでインストール可能である。

     

    conda install -c bioconda bcftools

     

    次に以下のコマンドを実行すれば完了。

     

    bcftools view output.bcf > output.vcf

     

    以上は最低限であり、解析の目的に合わせて細かい調整が必要になる。

     

    その際は公式のDocumentを参照されたい。

     

    以上。